Do územnej pôsobnosti Povodia Dunaja, odštepného závodu patrí podľa hydrologickej klasifikácie Slovenskej republiky čiastkové povodie Moravy, číslo hydrologického poradia 4–13,17 a čiastkové povodie Dunaja, číslo hydrologického poradia 4-20. Okrem uvedených čiastkových povodí do územnej pôsobnosti tohto odštepného závodu patrí aj južná časť čiastkového povodia Váhu, jeho základné povodie Malý Dunaj pod Čiernu vodu, číslo hydrologického poradia 4-21-15, časť základného povodia Malý Dunaj od Čiernej vody po ústie, číslo hydrologického poradia 4-21-17 a časť základného povodia Váh od Malého Dunaja po ústie do Dunaja, vrátane Starej Nitry a Starej Žitavy, číslo hydrologického poradia 4-21-18 i časť čiastkového povodia Hrona a časť čiastkového povodia Ipľa – záustné časti základného povodia Hron od hate Veľké Kozmálovce po ústie do Dunaja, od zaústenia vodného toku Paríž po ústie do Dunaja (od obce Kamenný Most po ústie do Dunaja), číslo hydrologického poradia 4-23-05 a záustné časti základného povodia Ipeľ od Krtíša po ústie do Dunaja, od obce Leľa po ústie do Dunaja, číslo hydrologického poradia 4-24-03.

Územná pôsobnosť Povodia Dunaja, odštepného závodu je vymedzená v južnej časti hranicou medzi katastrálnym územím obce Leľa a Bajtava, pričom do územnej pôsobnosti Povodia Dunaja, odštepného závodu patrí iba územie Bajtava, pokračuje južným smerom po štátnej hranici s Maďarskou republikou prechádzajúcou po rieke Ipeľ až po sútok s Dunajom, ďalej po štátnej hranici s Maďarskou republikou predstavujúcou rieku Dunaj až po jeho riečny kilometer (rkm) 1852,3, odtiaľ po hraničný prechod Rusovce do Maďarskej republiky, ďalej po hraničný prechod Berg do Rakúskej republiky, odtiaľ po ochrannej hrádzi Petržalka – Wolfsthal až po rkm 1773,6 Dunaja po sútok s Moravou, následne po rieke Morava, predstavujúcej štátnu hranicu s Rakúskou republikou, až po ústie rieky Dyje do rieky Moravy, odtiaľ po štátnej hranici s Českou republikou po začiatok rozvodnice medzi riekami Morava a Váh (Veľká Javorina), po tejto rozvodnici na juh po kótu 752 m.n.m. Čertov kopec v Malých Karpatoch, odtiaľ po rozvodnici medzi povodím vodných tokov Gidra a Stoličný potok až po sútok Dudváhu a Čiernej vody. Od sútoku Dudváhu a Čiernej vody pokračuje 10 m od ľavostrannej hrádze Čiernej vody a 10 m od ľavostranného kanála pozdĺž preložky Čiernej vody. Potom hydrologickej hranici základného povodia Váh od ústia Malého Dunaja po sútok s Dunajom. Od sútoku Malého Dunaja a Váhu pokračuje hranica na sever po rieke Váh až po zaústenie preložky rieky Nitry pri Komoči, pričom ľavostranná hrádza Váhu s 10 m pásom od návodnej päty hrádze patrí do územnej pôsobnosti Povodia Dunaja, odštepného závodu. Hranica pokračuje pozdĺž ľavostrannej hrádze preložky rieky Nitry, 10 m od päty vzdušnej strany hrádze až po juhozápadný okraj intravilánu mesta Nové Zámky a ďalej sleduje hranicu medzi okresmi Nové Zámky a Komárno až po štátnu cestu Dvory nad Žitavou – Bohatá, po ktorej pokračuje až po južný okraj intravilánu obce Dvory nad Žitavou a smerom na kótu 410 m. n. m. (Turecký násyp), kde sa spojí s rozvodnicou medzi vodnými tokmi Danóc a Paríž. Po severnej rozvodnici povodia vodného toku Paríž pokračuje po obec Malá nad Hronom a odtiaľ na severovýchod cez kótu 289 m. n. m., kde hranica pokračuje smerom k obci Bajtava po rozvodnici medzi Hronom a Ipľom ku križovaniu s katastrálnou hranicou obcí Salka a Bajtava. Následne pokračuje po katastrálnych hraniciach Salka-Bajtava a Bajtava-Leľa až k štátnej hranici s Maďarskou republikou, pričom iba katastrálne územie obce Bajtava patrí do územnej pôsobnosti Povodia Dunaja, odštepného závodu.