Do územnej pôsobnosti Povodia dolného Váhu, odštepného závodu patrí dolná časť čiastkového povodia Váhu, číslo hydrologického poradia 4-21, od rozvodnice medzi Porubským potokom, Dubnickým potokom a Kolačínskym potokom a vodnými tokmi Baračka a Teplička na ľavej strane Váhu a rozvodnice medzi vodnými tokmi Vlára, Sietno a Vlárka a vodnými tokmi Bolešovský potok, Krivoklátsky potok a Tovarský potok na pravej strane Váhu, okrem jeho južnej časti patriacej do územnej pôsobnosti Povodia Dunaja, odštepného závodu.

Územná pôsobnosť odštepného závodu je ohraničená v južnej časti hranicou, ktorú tvorí rozvodnica povodí vodných tokov Branovský potok a Paríž. Pokračuje rozvodnicou základného povodia Váhu od ústia Malého Dunaja po sútok s Dunajom (vrátane Starej Nitry a Starej Žitavy), číslo hydrologického poradia 4-21-18, a základným povodím Hrona od odbočenia Perca po sútok s Dunajom, číslo hydrologického poradia 4-23-05 po cestu II. triedy 589 medzi obcami Pribeta a Jasová, ktorou pokračuje na juhozápad po križovanie so železničnou traťou č. 130 (Štúrovo – Bratislava) a v súbehu s jej severnou časťou pokračuje po križovanie vodného toku Stará Žitava a následne súbežne s ľavostrannou ochrannou hrádzou k hranici medzi okresmi Komárno a Nové Zámky po juhozápadný okraj mesta Nové Zámky (melioračný kanál Aňala patrí do územnej pôsobnosti Povodia dolného Váhu, odštepného závodu). Ďalej pokračuje pozdĺž ľavostrannej hrádze preložky rieky Nitry (10 m od päty vzdušnej strany hrádze) po rieku Váh. Koryto Váhu a jeho pravostranná hrádza až po sútok s Malým Dunajom patrí do územnej pôsobnosti Povodia dolného Váhu, odštepného závodu. Hranica odštepného závodu ďalej pokračuje po ľavej strane Malého Dunaja (jeho ľavostranná hrádza s 10 m pásom od návodnej päty hrádze patrí do územnej pôsobnosti Povodia dolného Váhu, odštepného závodu). Od ukončenia ľavostrannej ochrannej hrádze Malého Dunaja nad obcou Trstice pokračuje hranica rozvodnicou medzi tokmi Teplica a Stará Čierna voda s tokmi Malý Dunaj a Suchý potok k nápustnému objektu do pôvodného koryta Čiernej Vody. Nápustný objekt do pôvodného koryta Čiernej vody a Čierna voda od nápustného objektu patria do územnej pôsobnosti Povodia dolného Váhu, odštepného závodu. Od nápustného objektu do pôvodného koryta Čiernej vody pokračuje hranica 10 m od ľavostrannej ochrannej hrádze Čiernej vody. Od sútoku Čiernej vody a Dudváhu pokračuje hranica po rozvodnici medzi povodím vodného toku Gidra a povodím Stoličného potoka až po rozvodnicu medzi povodiami riek Moravy a Váhu. Po rozvodnici medzi povodiami rieky Morava a rieky Váh pokračuje na sever po štátnu hranicu medzi Slovenskou republikou a Českou republikou a po tejto štátnej hranici až po južnú hranicu územnej pôsobnosti Povodia horného Váhu, odštepného závodu, ktorú tvorí rozvodnica medzi vodným tokom Vlára, Sietno a Vlárka a vodným tokom Bolešovský potok, Krivoklátsky potok a Tovarský potok až po sútok s Váhom, pokračuje po ľavej strane Váhu a rozvodnicou medzi vodnými tokmi Teplička a Baračka s vodnými tokmi Kolačínsky potok, Dubnický potok a Porubským potokom. Ďalej pokračuje južnou hranicou Povodia horného Váhu, odštepného závodu smerom na východ a juhovýchod po rozvodnicu medzi čiastkovým povodím Váhu 4-21 a čiastkovým povodím Hrona 4-23 a touto rozvodnicou južne až juhozápadne na rozvodnicu medzi vodnými tokmi Branovský potok a Paríž.